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香港注册的微信在大陆被限制可能有多种原因，包括但不限于以下几点。
1、账号存在违规行为：如果账号违反了微信的使用规定，例如使用不当的语言、发布违规内容、恶意营销等行为，可能会被限制使用。
2、账号安全问题：如果账号存在安全问题，例如被他人盗用、存在异常登录等情况，可能会被限制登录以保证用户的安全。
3、地域限制：微信可能会根据用户所在地区进行限制，由于香港和大陆的政策和规定不同，可能会影响微信的使用。
4、系统误判：微信的系统可能会出现误判，将一些正常使用的账号误认为是违规账号，导致被限制使用。
具体原因需要根据实际情况而定，如果用户认为自己的账号被误判或者存在其他问题，可以通过微信客服渠道进行申诉和解决。